Флавоноїди шоломника зумовлюють його потужні антиоксидантні властивості.

Домінуючим флавоновим агліконом кореня шоломника є байкалін. Флавони коренів мають характерну Р-вітамінну активність — судинозміцнюючу та антиоксидантну дію, покращують церебральний кровообіг.

Байкалін пригнічує перекисне окиснення ліпідів активніше, ніж вітамін Е.

Флавоноїд вогонін має нейропротекторну та анксіолітичну (протитривожну) дію.

Крім того, шоломник виявляє тонізуючу дію, протизапальну, антитромботичну, протиалергічну, антивірусну та антибактеріальну активність, викликає зниження збудливості центральної нервової системи, зменшує психічну та фізичну напругу при підвищених навантаженнях.

Широкий спектр застосування Шлемника Байкальського описаний у багатьох працях.

У спектр призначень шоломника входять спастичні коліт, дискінезія жовчовивідних шляхів (ДЖВП) за гіпертонічним типом.

Коріння усувають спазми гладкої мускулатури внутрішніх органів, у тому числі кишківника, жовчного міхура. Його з успіхом застосовують при кишкових інфекціях із високою інтоксикацією.

Здатність шоломника активувати процеси відновлення кісткового еритро- та гранулоцитопоезу, відновлюючи кількість зрілих клітин у периферичній крові, використовується при гіпоплазії кровотворення, викликаної циклофосфаном.

Гемостимулююча дія флавоноїдів, що містяться в корінні, виявляється у стимуляції кровотворення в умовах цитостатичної та променевої мієлодепресії, в активізації процесів еритроїдного паростка кісткового мозку.

У гемостимуляції задіяний як прямий, а й опосередкований механізм, саме через Т-клітинні і макрофагальные ланки регуляції, зокрема, через впливом геть процеси проліферації і диференціювання кровотворних клітин.
Шоломник, маючи високі детоксикаційні властивості, показаний при лихоманках, отруєннях, хронічних та гострих гепатитах. Зареєстровано детоксикаційний ефект шоломника при отруєнні стрихніном (діюча речовина – скутеллярин).
Ставлення шоломника до елітних рослин виправдане. Тибетська медицина розглядає його відповідність до «меридіанів» шлунка, селезінки, жовчного міхура, тонкого та товстого кишечника. Згідно з традиціями медицини Тибету його призначають при банальних бронхітах, ГРЗ.
Традиційна медицина підтверджує високі антимікробні, туберкулостатичні властивості. Шоломник активний щодо вірусу грипу, що стимулює синтез ендогенного інтерферону. У фтизіатрії шоломник байкальський показаний при астенічних станах.

Лікування неврозів, безсоння, розладів сну, досягнення седативного ефекту, зняття невмотивованої, неконтрольованої тривоги можливе за допомогою препаратів шоломника.

Фармакологічні та клінічні дослідження стверджують, що байкальський шоломник розширює периферичні судини, знижує збудливість нервової системи, знижуючи артеріальний тиск. Встановлено, що тривалий прийом шоломника призводить до нормалізації артеріального тиску з допомогою включення механізмів авторегуляції.